El excomandante de la Armada almirante Carlos Abilleiras y otros siete oficiales de esa fuerza fueron arrestados por diversas irregularidades en la Comisión Técnica de la Armada y que fueron comprobadas por una investigación del Ministerio de Defensa. Abilleiras fue comandante en Jefe de la Armada hasta marzo de 2020, según informó el portal Defensa.com. Fuentes del Ministerio de Defensa informaron al Diario La R la investigación comenzó en en diciembre de 2020. Las irregularidades en el manejo de fondos desde pagos en negro hasta el pago por servicios inexistentes. El ministro dispuso el envío de los antecedentes a la Fiscalía General de la Nación. También se incluyen manejos de viáticos y horas extras en la inspección de buques mercantes y civiles que naveguen en o hacia el país, con bandera o sin bandera uruguaya.
De los 7 capitanes de navío, tres se encuentran en actividad y cinco tienen menos de cuatro años de retiro. A todos ellos se impuso una sanción de 10 días de arresto a rigor. Para el excomandante Carlos Abilleiras, el ministro dispuso 15 días de arresto a rigor. La Comisión Técnica de la Armada, asesora de la Dirección Registral y de Marina Mercante, interviene en tareas como las autorizaciones de los viajes al exterior, las reparaciones a diversos buques y autorizaciones para traslados al ser enajenados, así certificados de navegabilidad. En octubre de 2021, cuando concluyó la investigación primaria, el Ministerio de Defensa envió esos antecedentes a fiscalía y ahora agregó las conclusiones del informe final que presentó el equipo jurídico y contable de la secretaría de Estado.
