Milutinovic fue presidente de Serbia desde diciembre de 1997 hasta diciembre de 2002, momento en que se entregó voluntariamente al Tribunal Penal Internacional para la Antigua Yugoslavia (TPIY) y donde fue acusado de crímenes de guerra durante el conflicto contra Kosovo. A pesar de que el expresidente fue absuelto en 2009, los otros cinco ex altos responsables gubernamentales, militares y policiales con los que compartió juicio fueron condenados a penas de cárcel de entre 15 y 22 años de cárcel por homicidio y deportación de albanokosovares en la primera mitad de 1999.
Milutinovic accedió a la Presidencia de Serbia en diciembre de 1997, en sustitución de Slobodan Milosevic, quien acababa de ser nombrado presidente de la desaparecida República Federal de Yugoslavia (RFY). Ejerció el cargo hasta diciembre de 2002, aunque desde 2000, tras el derrocamiento y caída en desgracia de Milosevic, se vio obligado a «cohabitar» con un gobierno claramente opuesto a su antiguo mentor, lo cual le ganó la animadversión de los partidarios de Milosevic, sin llegar a una ruptura definitiva. El primer dirigente encausado por los crímenes de Kosovo fue el propio Milosevic, aunque únicamente dio tiempo a procesarlo entre 2002 y 2006 por los crímenes cometidos en Croacia y Bosnia-Herzegovina entre 1991 y 1995, antes de fallecer «por causas naturales en vísperas del fin del juicio y antes de que se emitiera un veredicto», según el tribunal.
