Marcelo Bielsa, está cerca de dirigir la selección uruguaya y de esta manera suceder a Diego Alonso. El argentino sería la tercera selección que dirigirá en su carrera. Desde Argentina se considera esto vomo un «golpe de efecto» ya que se traer a unos de los técnicos más importantes de los últimos años.
En octubre de 1998, Bielsa asumió como entrenador de la selección de fútbol de Argentina, en reemplazo de Daniel Passarella. Durante el cargo, la selección argentina obtuvo los mejores registros de su historia, tanto en promedio de goles a favor, en contra, porcentaje de partidos ganados y puntos logrados en una eliminatoria para un mundial (teniendo en cuenta el formato imperante desde la Copa Mundial de Fútbol de 1998). Fue el entrenador argentino en la Copa Mundial de Fútbol de 2002, luego de obtener el primer puesto en las eliminatorias sudamericanas. En el Mundial, Argentina quedó eliminada en la primera fase.
El 10 de agosto de 2007, luego de semanas de negociaciones, fue anunciado como nuevo entrenador de la selección chilena por la Federación de Fútbol de Chile, estableciendo un contrato por 3 años y un sueldo cercano a los 1,4 millones de dólares anuales.
En el Mundial realizado en Sudáfrica, Chile integró el Grupo H junto con España, Honduras y Suiza. En la fase de grupos, Chile venció a Honduras y Suiza por 1-0 y cayó 1-2 ante España, clasificando por diferencia de gol segundo de su grupo con 6 puntos.40 En octavos de final se enfrentó a Brasil y fue goleado por 0-3 —su «peor derrota en el torneo»—. La selección chilena volvió a ganar un partido tras 12 ediciones.
El 2 de mayo de 2014, el Olympique de Marsella confirmó la contratación de Bielsa como su nuevo técnico para las dos próximas temporadas.
En julio de 2015, el entrenador argentino niega rumores sobre una oferta para hacerse cargo de la selección de México, afirmando que desea cumplir su contrato con el Olympique de Marsella.Bielsa comienza la temporada 2015-16 con una derrota en su feudo ante el Caen (0-1). Al término del encuentro, el argentino presenta la dimisión, alegando diferencias con el club, al que reprochaba haber cambiado los términos del nuevo contrato que iba a firmar, y reforzando los rumores de una posible oferta para dirigir la selección mexicana. Sin embargo, Bielsa rechazó la posibilidad de hacerse cargo del combinado azteca. Bielsa dejó el club marsellés siendo uno de los técnicos del equipo con un mayor porcentaje de triunfos con relación a los partidos disputados.Dos años después, Bielsa explicó que su marcha de la entidad se debió a «un justificativo ético», asegurando que el club pretendía rebajar en un 10 % el sueldo de su cuerpo técnico sin darle ninguna explicación.
