Surgido de las inferiores de Nacional de Montevideo, pronto pasó al fútbol europeo; en Italia, donde jugó para el Cagliari, gracias a lo cual Juventus se hizo de sus servicios, donde compartió la mitad de la cancha junto a Zinedine Zidane.
Después lo fichó el Perugia y retornó al Cagliari una temporada más antes de volver a Montevideo. En 2003 volvió a Nacional, donde tiene una breve actuación y se retira para volver a su ciudad natal.
Fue internacional con la Selección de fútbol de Uruguay en 19 ocasiones. Fue parte del plantel para la Copa del Mundo de Corea y Japón en 2002, pero la oportunidad llegó en un mal momento de su carrera y debido a las lesiones que arrastraba, no tuvo minutos en cancha.
En septiembre de 2013 se publicó su biografía, titulada «Hasta la última gota», escrita por Federico Castillo y Horacio Varoli dónde contaba su vida.
Fabián O’Neill se encuentra en grave estado
El recordado futbolsita Fabián O'Neill, de 49 años, se encuentra en coma con un cuadro hepático severo. Está internado en la Médica Uruguaya. O'Neill tiene una enfermedad de larga data a causa de un consumo excesivo de alcohol. En su última internación en 2020 había abandonado esta adicción.
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