El Plan de Manejo incluye lineamientos estratégicos y programas para cumplir con los objetivos de conservación, entre los que se encuentran: la mejora de prácticas ganaderas que contribuyan a la conservación de la biodiversidad, así como un programa de control de fauna y flora exótica invasora; un programa de protección y restauración de bosques; de ordenamiento del turismo como estrategia para la conservación de la biodiversidad y el desarrollo local.
Asimismo regula el uso de determinadas prácticas en el área protegida y establece los casos específicos sometidos a excepciones bajo determinadas circunstancias, vinculados a: tala de monte nativo, desarrollo de la pesca, la caza, y lo que refiere a construcciones y obras.
Para ello, el Plan de Manejo establece una zonificación, tomando en cuenta las posibilidades de intervención (mínima, baja, media y alta), como forma de ordenar las condiciones de uso y otros aspectos contenidos en el plan. La zona de intervención mínima se dirige a conservar con el mayor grado de naturalidad los objetos de conservación del área natural protegida. El lugar de intervención baja es aquella dirigida a que los procesos ecológicos se mantengan con la presencia de actividades humanas de bajo alcance, baja severidad y baja irreversibilidad.
La zona de intervención media es aquella dirigida a que los procesos ecológicos se mantengan con la presencia de actividades humanas de mediano alcance, mediana severidad y baja irreversibilidad. La zona de intervención alta corresponde a la zona ya intervenida significativamente dentro de la zona adyacente, correspondiendo una gestión enfocada a minimizar impactos negativos en otras zonas del área, y comprendiendo sectores destinados al soporte de la gestión del área y la realización de actividades necesarias.
